根据东共体成员国肯尼亚、乌干达和卢旺达2013年达成的协议,三国间单一关税区拟于2014年1月启动。单一关税区效力范围涵盖东共体货物进口、东共体内部货物运输、成员国向非成员国货物出口以及港口和边境站运营等。
单一关税区实施后,三国所有进口货物将在首个到达港口——肯尼亚的蒙巴萨港统一纳税,税款将汇至目的国,内陆运输的载重卡车仅在跨境时称重,有利于缩短运输时间,节省清关成本,降低进口费用。蒙港已于2013年10月安装了统一关税支付系统,三国还将在此设立单一关税管理局。东共体另两位成员国坦桑尼亚和布隆迪因主要通过达累斯萨拉姆港口运输货物,未加入单一关税区。